В некоторых случаях возникает ситуация, когда в сабмодуле на сборщике возникают локальные изменения.
В настоящее время нет какой-то особой настройки, которая позволяет сбросить изменения подмодуля при очередном checkout.
Как обходите такую ситуацию?
Ошибки с checkout при наличии изменений в submodule
Также интересует данный вопрос
Пока руками:
В SourceTree можно перейти в сабмодуль и сделать Отменить/Удалить для незакомиченных
В терминале:
git submodule foreach --recursive git reset --hard git submodule foreach --recursive git clean -f
В идеале отловить причину этих изменений. Тогда хотя бы поправить можно 